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根據使用場合的不同，醫藥用水又分為醫用純化水和醫用超純水。醫藥純化水是將原水經蒸餾法、離子交換法、反滲透法或其他適宜的方法值得的制藥用水，不含任何附加劑，可作為配制普通藥物制劑的溶劑或試驗用水。在片劑、膠囊、口服液和外用藥劑的生產中，凡與藥品接觸的設備、容器、內包裝和工具，均需用純化水清洗。電導率是純化水的重要指標，《中國藥典》(2005版)中對純化水的電導率有明確要求即小于等于2μs/cm。注射用水一般用純化水通過蒸餾法制得，化學純度高達99.999%，無熱源。
一般工藝流程
原水-原水加壓泵-多介質過濾器-活性炭過濾器-軟水器-精密過濾器-一級反滲透 設備-中間水箱-中間水泵-離子交換器-純化水箱-純水泵-紫外線殺菌器-微孔過濾器-用水點 (2000版中國藥典傳統工藝)
原水-原水加壓泵-多介質過濾器-活性炭過濾器-軟水器-精密過濾器-第一級反滲透 -PH調節-中間水箱-第二級反滲透(反滲透膜表面帶正電荷)-純化水箱-純水泵-紫外線殺菌器- 微孔過濾器-巴氏消毒—用水點 (2005版中國藥典目前流行工藝)
原水-原水加壓泵-多介質過濾器-活性炭過濾器-軟水器-精密過濾器-一級反滲透機-脫氣膜-------中間水箱-中間水泵-EDI系統-純化水箱-純水泵-紫外線殺菌器-微孔過濾器-巴氏消毒-用水點 (2005版中國藥典新工藝 )
原水-原水加壓泵-多介質過濾器-活性炭過濾器-軟水器-精密過濾器-第一級反滲透 -PH調節-中間水箱-第二級反滲透(反滲透膜表面帶正電荷)---RO水箱-RO水泵-—TOC分解器----EDI系統--純化水箱-純水泵-紫外線殺菌器- 微孔過濾器-巴氏消毒-用水點 (中國藥典注射用水、歐盟和美國藥典推薦工藝)
EDI超純水設備特點
利用膜工藝生產純化水，不僅可以確保處理后的水完全達到藥典規定的純化水標準，而且對原水水質變化的適應能力強，避免了傳統方法可能造成的環境污染，并能有效地降低水處理成本。
常用工藝流程
預處理系統-反滲透系統-粗混合床-精混合床-紫外線殺菌器-精密過濾器-用水對象 (≥15MΩ.CM)(傳統工藝)
預處理-反滲透-EDI裝置-紫外線殺菌器-精密過濾器-用水對象(≥15MΩ.CM)(新工藝)
優缺點比較：第一種采用離子交換樹脂其優點在于初投資少，占用的地方少，但缺點就是需要經常進行離子再生，耗費量酸堿，而且對環境有一定的破壞。
第二種采用反滲透作預處理再配上EDI裝置，這是目前制取超純水最經濟，最環保用來制取超純水的工藝，不需要用酸堿進行再生便可連續制取超純水，對環境沒什么破壞性。其缺點在于初投資相對以上兩種方式過于昂貴。
周一到周日：8:00-19:30
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